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• 作者：美格君
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• 发布时间：2022-05-31
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【概要描述】1月6日，广东深圳疫情爆发，深圳疾控新冠溯源团队凌晨五点着手病毒测序工作，仅用16小时让病毒来源一锤定音，确定为达尔塔变异株。


2月13日，江苏苏州发现新冠病毒阳性感染8例，市疾控中心快速展开病毒基因测序，24小时内确定病毒为奥密克戎变异株。


自3月份山东青岛疫情以来，市疾控基因测序小组不分昼夜与病毒赛跑，病毒基因测序结果24小时内可获。

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  近日来，国内疫情起伏反复，累计确诊病例突破240万关口，而每一次发现首发病例后的抗疫方案部署都会涉及一项至关重要的工作——新冠病毒基因测序与溯源。

  据了解，国家对新冠病毒基因测序工作要求为72小时，得益于我国疫情以来对溯源工作的重视和建设，以及各疾控中心对人员培训和流程的优化，目前病毒溯源基本能在24小时内完成，这为每场城市抗疫战中赢得宝贵时间，对及时研判疫情、采取有效防控措施具有重要指导意义。

  为什么对病毒进行溯源如此重要
  

  在新冠肺炎疫情防控中，对病毒进行基因测序，鉴别其基因型别，以此进行溯源分析和流行病学调查，对疫情防控工作开展有重要意义。

  在当前动态清零的政策下，测定病例中病毒基因组序列对于判定分子传播链条以及病毒在社区内传播的可能代次都具有重要的指示意义。特别对于Omicron毒株，其具有隐秘性更强、传播更快等特征，导致尽管发现少数阳性患者，传播范围往往已扩散到一定区域。因此，各地区在检测到首发案例后应对病毒进行精准快速的溯源，其作用在于确定病例源和传播链。如测定的不同病例之间序列已有2-3个碱基差异很可能表明病毒在区域内已传播一段时间，应开展更有针对性的防控策略。

  而当防控工作从应急状态转为常态化，病毒基因测序与溯源的主要作用在于及时发现新的变异毒株及依据病毒序列评估其感染和流行特征。当前，全国30个省和新疆生产建设兵团均完成建设新冠病毒全基因组测序平台，为及时发现新的病毒变异型别提供重要技术平台。

  疫情以来，我国疾控中心一直通过GISAID向国际分享本地收集到的SARS-CoV-2基因组序列，当前GISAID平台已收集到来自全球172个国家和地区、超过1020万组的SARS-CoV-2基因序列，由此可见，开展病毒基因测序在国内乃至全球的疫情防控中的重要性。

  病毒变异催化基因测序与溯源需求
  前文提及，当前国内爆发的疫情主要以奥密克戎病毒株为主，其对全球新冠大流行的轨迹带来重大的改变和负面的影响，但病毒的变异脚步并没有就此停止。随着国内感染病例持续增加，病毒变异的速度也在提升，2022年国内所监测到的病毒序列数量已是2021年水平的数十倍。

 

  根据“全球新冠肺炎预测系统”预测，此次奥密克戎引发的全球疫情将会持续到明年11月。虽然当前奥密克戎的子变体BA.2占据全球新冠病毒的主导地位(全部基因测序的94%)，但奥密克戎的突变还在继续。今年1月新发现的XE毒株为奥密克戎BA.1和BA.2结合体，其传播能力已被证实再次提升（43%）。同年4月，世卫组织更是将奥密克戎的新子变体BA.4和BA.5列入了监测名单，对病毒基因持续测序和溯源，有助于对病毒变异株进行定性和监测，是防控措施的重要手段之一。

  
  另外截止至5月30日，2022年全国新冠确诊病例已达234万多例，这将近是2021年全年累计病例的153.9倍，结合奥密克戎毒株造成的多次疫情反弹和学者对其未来发展的预测，防疫工作对病毒测序和溯源的需求将是持久且巨大的。  

  

  

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  产品作用



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病毒序列突变追踪


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  产品性能，测试效率对比

  

  



对比29对引物扩增结果，每对引物有对应测序reads数量，以最高的reads数量为100%计算不同扩增区段对应的测序reads数量；百分比接近代表引物对扩增效率相似，代表最小数据量或较少的测序时间可以获得较高的覆盖度。


红框标识出Artic引物（Version 3）在S区段有部分覆盖度很低或无法成功扩增；poolABC引物（威斯尼斯人官方网站8567vip）能很好的覆盖整个新冠病毒基因组，保证测试效率。



 

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